De WLO kent vier werkgroepen die zich richten op een deelgebied van de landschapsecologie. De Werkgroep Ecohydrologie legt de relatie tussen waterhuishouding en de ontwikkeling in een landschap, de Werkgroep Stadsecologie onderzoekt de landschapsecologie binnen het verstedelijkt gebied, de Werkgroep Historische Ecologie de historische ontwikkeling en de Werkgroep Europa op het internationale landschapsonderzoek.

WLO-leden kunnen zich ook aanmelden voor een van de werkgroepen, die symposia, discussiedagen en excursies organiseren.

De WLO is tevens lid van de internationale organisatie IALE.